Năm 1925, Hertz trở thành odinarius professor và Viện trưởng Viện Vật lý của Đại học Martin Luther của Halle-Wittenberg. Năm 1928 ông trở thành giáo sư vật lý thực nghiệm và Viện trưởng Viện Vật lý của Technische Hochschule Berlin ("THB"), nay là Đại học Kỹ thuật Berlin. Trong khi đó, ông đã phát triển một kỹ thuật tách đồng vị thông qua sự khuếch tán khí.

Kể từ khi Hertz là một sĩ quan trong Thế chiến thứ nhất, ông đã tạm thời được bảo vệ khỏi các chính sách xã hội chủ nghĩa quốc gia và Luật Phục hồi Dịch vụ Dân sự Chuyên nghiệp, nhưng cuối cùng các chính sách và luật pháp trở nên khắt khe hơn, và cuối năm 1934, ông bị buộc phải từ chức vị trí THB, khi ông được phân loại là "người thứ hai phần Do Thái" (ông nội Gustav Ferdinand Hertz (tên ban đầu là David Gustav Hertz) (1827–1914) đã từng là người Do Thái từ bé, trước khi cả gia đình đã chuyển thành Lutheranism năm 1834). Sau đó, ông đảm nhiệm vị trí Giám đốc Phòng thí nghiệm nghiên cứu của Siemens. Tại đây, ông tiếp tục công việc của mình về vật lý nguyên tử và siêu âm, nhưng cuối cùng ông đã ngưng công việc của mình trên sự phân tách đồng vị. Ông giữ chức vụ này cho đến khi ông đến Liên Xô năm 1945.

Hertz là thành viên của Viện Hàn lâm Khoa học Đức tại Berlin, Cộng tác viên của Viện Khoa học Göttingen, thành viên danh dự của Viện Hàn lâm Khoa học Hungary, thành viên của Viện Hàn lâm Khoa học Tiệp Khắc, và là thành viên nước ngoài của Học viện Khoa học Liên Xô.